淋病、梅毒、尖锐湿疣等性病主要通过性行为的接触方式进行传播，而病原体喜欢在潮湿的环境中生存。传染性病需要同时符合几个条件：在人流密集的场所，有足够多的致病微生物数量；马桶在之前被性病或皮肤病患者使用过，留下分泌物；使用者皮肤本身出现破损而接触了这些微生物；加上免疫力低下，就有可能患病。
相对性病传染来说，皮肤病更让人忧心，一些真菌性皮肤病，共用马桶传染的可能性略大，比如体癣、股癣、毛囊炎、疖肿等。微生物病原体离开人体后在外界存活的能力比较低，如果马桶圈保持干燥，用消毒剂、紫外线或高温消毒，就很容易杀灭。人的皮肤有天然的屏障作用，在人身体健康、皮肤干燥清洁的情况下，几乎不存在通过马桶传染疾病的可能性，因此完全不必过度担心。
健康的未受损的皮肤是一道有效的细菌隔离屏障，屁股和腿部的皮肤都比较厚，经常被衣物包裹着，没有被阳光、洗洁剂、各种工具伤害到，不太可能像手或者脸的皮肤那样容易破裂。除非细菌沾到了手上，那么就会转移到嘴巴、鼻子或者眼睛中。所以，公共马桶传染疾病的危险性还是很小的。
不建议女性在使用过公共马桶之后用一些湿纸巾擦洗外阴，其化学物质会改变外阴环境，刺激外阴皮肤黏膜引发外阴过敏，使外阴皮肤屏障功能受损反而容易导致病菌感染。
